Son ouvrage, Nostalgérie. L'interminable histoire de l'OAS (Paris, Éd. La Découverte, 2015) soutient que l'organisation qui lutta jusqu'au bout pour maintenir l'Algérie dans l'orbite française avait des racines profondément ancrées dans l'histoire des relations inégalitaires entre les deux communautés, permanentes durant toute la période coloniale. Il critique l'état d'esprit d'un certain nombre de Pieds-noirs continuant à refaire en permanence les combats d'hier et à vouloir une réécriture glorificatrice (voire auto-glorificatrice) de l'Algérie française. Il soutient que l'OAS, au lieu d'être un « bouclier » des Pieds-noirs, a accentué un climat de haine qui a abouti au tragique exode de 1962. Alain Ruscio a eu comme préfaciers à certains de ses ouvrages Madeleine Reberioux, Raymond Aubrac et Albert Memmi.
En 2019, Alain Ruscio publie Les Communistes et l'Algérie: des origines à la guerre d'indépendance . L'ouvrage montre notamment les malaises et malentendus qui ont caractérisé la relation du Parti communiste français avec la cause algérienne. Pour l'historien André Loez, bien que « fortement documenté, son propos reste très personnel : il tient à la fois du réquisitoire anticolonial, du martyrologe pour les victimes de la torture et des exactions de l’Organisation armée secrète (OAS), et de l’examen de conscience militant, appuyé sur une formule d’Aragon : les communistes furent-ils bons « par rapport à eux-mêmes » ? »4
Outre un travail à vocation scientifique (de nombreuses participations à des colloques en France, au Viêt Nam, en Tunisie, en Algérie, au Mali, en Martinique), il est très attaché à la notion d'histoire citoyenne, ayant participé à la protestation contre la loi de février 2005, collaborant avec diverses associations qui ont comme but une vulgarisation des connaissances historiques (Universités populaires, Ligue des droits de l'homme, associations d'originaires des anciennes colonies françaises...).
Outre sa participation à des ouvrages dirigés par Charles-Robert Ageron, Dimitri Nicolaïdis, Bernard Mouralis, Philippe Devillers, Serge Wolikow, Jean Suret-Canale, Claude Liauzu, Pascal Blanchard, ...,
Il est l'auteur d'une centaine d'articles dans des revues spécialisées d'Histoire (Vingtième Siècle, Revue française d'histoire d'outre-mer, Cahiers d'Histoire, Revue d'Histoire Moderne & Contemporaine, etc.) et a entrepris la coordination d'une somme, une Encyclopédie de la colonisation française (Éditions Les Indes Savantes), forte de la participation de plus d'une centaine d'auteurs, venus de France métropolitaine, des territoires d'outre-mer, mais aussi des anciennes colonies et du Royaume-Uni, des États-Unis, de Belgique, du Canada, etc. Deux volumes sont déjà parus, couvrant les lettres A à C.
